Добрый день, Наталья.

Если Благотворительный фонд заключает договор на предоставление гранта с ФОП-ом, то обязательств налогового агента у фонда, в данном случае, не возникает.

Что касается налогообложения у ФОП-а, если в договоре конкретно прописано, что это помощь на развитие бизнесса и ФОП сможет документально подтвердить использование этих средств по назначению, то вопросов с налогами возникнуть не должно - эти деньги облагаются единым налогом как доход предпринимателя. Но налоговики, действительно, часто утверждают, что благотворительная безвозвратная помощь не является доходом от предпринимательской деятельности. Точно так же, как в случае уплаты с такой помощи  ПДФО и ВЗ, могут признать этот доход предпринимательским и наказать за неправомерное увеличение налоговой нагрузки на физ.лицо. К сожалению, чаще всего зависит от личтой позиции инспектора. 

Договор нужно заключать с ФОПом. 

Платить оренду за ФОПа фонд может в том случае, если это не будет противоречить уставной деятельности Фонда и целевому использованию данных средств.